特別支援学校に在籍する不登校の児童・生徒が近年、増加傾向にある。一方で、分析が十分といえない状況だ。
　文科省の学校基本調査によると令和6年度、特別支援学校の不登校児童・生徒数は小学部が473人、中学部で958人。全体に占める不登校児童・生徒の割合は小学部0・85％、中学部2・74％となっている。
　特別支援学校の不登校児童・生徒数は小・中学校と同様に近年増え続けている。令和元年度の小学部187人（0・42％）、中学部389人（1・28％）からはそれぞれ倍以上にまでなっている。
　ただ、その要因について詳しく調べられていない。学校基本調査では特別支援学校小・中学部の不登校児童・生徒数に関しては国公私立別とその合計のみだ。特殊教育諸学校時代は盲・聾・養護学校別に集計されていたが、平成19年度に特別支援学校になって以降、障害種別には集計されなくなった。
　不登校について国は昭和41年度から（当時は「学校ぎらい」）調査を開始。不登校という名称は平成10年度以降から使われている。
　問題行動白書や問題行動・不登校等調査など、生徒指導関連の調査では、平成6年度からいじめに関しては特殊教育諸学校・特別支援学校も集計しているが、それ以外の項目では対象外となっていた。
　問題行動・不登校等調査では「不登校児童・生徒について（学校が）把握した事実」など、詳細も集計されているが、特別支援学校については対象外のため、詳しい状況が調べられていないのが実情だ。
　学校基本調査の参考資料として公表されている大学進学率の算出方法の分母に特別支援学校中学部の卒業者が含まれていなかった一連の問題を巡り同省では、同調査以外についても見直した上で必要な措置を講ずるとしている。問題行動・不登校等調査もその対象となっている。