（7月14日付）
辞職（国立教育政策研究所長）池田貴城
辞職（科学技術・学術政策研究所長）千原由幸

（15日付）
辞職（文部科学事務次官）藤原章夫
文部科学事務次官（文部科学審議官）増子宏
文部科学審議官（内閣府科学技術・イノベーション推進事務局統括官）柿田恭良
官房長（総合教育政策局長）茂里毅
総括審議官（文化庁審議官）今泉柔剛
サイバーセキュリティ・政策立案総括審議官（内閣府科学技術・イノベーション推進事務局審議官）藤吉尚之
総合教育政策局長（研究振興局長）塩見みづ枝
高等教育局長（文化庁次長）合田哲雄
科学技術・学術政策局長（官房長）西條正明
研究振興局長（総括審議官）淵上孝
研究開発局長（サイバーセキュリティ・政策立案総括審議官）坂本修一
スポーツ庁次長（高等教育局私学部長）浅野敦行
文化庁次長（高等教育局長）伊藤学司
文化庁次長（学習基盤審議官）日向信和
国立教育政策研究所長（文化庁次長）森田正信
科学技術・学術政策研究所長（内閣審議官＝副長官補付）塩崎正晴
内閣府出向＝科学技術・イノベーション推進事務局統括官就任予定（科学技術・学術政策局長）井上諭一
日本原子力研究開発機構出向＝理事長特別アドバイザー就任予定（研究開発局長）堀内義規
東海国立大学機構出向＝理事・事務局長就任予定（スポーツ庁次長）寺門成真
学習基盤審議官（会計課長）堀野晶三
官房審議官＝高等教育局担当（科学技術・学術政策局政策課長）先﨑卓歩
官房審議官＝高等教育局・科学技術政策連携担当（官房審議官＝研究振興局・高等教育政策連携担当）松浦重和
官房審議官＝研究振興局・高等教育政策連携担当（総務課長）坂下鈴鹿
文教施設企画・防災部長（日本学生支援機構理事）蝦名喜之
教育改革特別分析官（官房付）鈴木敏之
高等教育局私学部長（文化庁審議官）小林万里子
スポーツ庁審議官（文化庁著作権課長）籾井圭子
文化庁審議官（教育改革特別分析官）松坂浩史
文化庁審議官（官房審議官＝高等教育局担当）森友浩史
内閣官房出向＝内閣審議官官房副長官補付就任予定（福島国際研究教育機構執行役）木村直人
内閣府出向＝科学技術・イノベーション推進事務局審議官就任予定（宇宙航空研究開発機構理事）原克彦
外務省出向＝大臣官房就任予定（スポーツ庁審議官）橋場健
宇宙航空研究開発機構出向＝理事就任予定（官房審議官＝高等教育局・科学技術政策連携担当）奥野真
公立学校共済組合出向＝理事就任予定（文教施設企画・防災部長）笠原隆